Der Exzellenzverbund widmet sich über institutionelle und disziplinäre Grenzen hinweg der Bewältigung großer gesellschaftlicher Herausforderungen - Grand Challenges. Im Zusammenspiel verschiedener Akteure des Berliner Ökosystems werden dafür nachhaltige Lösungsansätze erarbeitet.

Durch die Initiierung von Projekten und Netzwerken im Rahmen von Grand Challenge Initiativen treibt die Berlin University Alliance die Entwicklung einer verbundweiten Agenda für gemeinsame Forschung und die wissenschaftliche Ausgestaltung des integrierten Berliner Forschungsraums voran. 

Zwei Förderlinien unterstützen die Verankerung von Grand Challenges Initiativen im integrierten Berliner Forschungsraum: "Exploration Projects" zur Entwicklung neuartiger Themen, Projekte und Netzwerke, sowie "Einstein Research Units" für groß angelegte institutions- und disziplinübergreifende Forschungsprojekte. Bislang wurden 87 Projekte in den fünf Grand Challenges - Social Cohesion, Global Health, Responsible Innovation in Times of Transformation, Quantum & Climate and Water under Change -  initiiert. Das Thema der Grand Challenge Initiative Responsible Innovation in Times of Transformation wurde in einem gemeinsamen partizipativen Prozess von Wissenschaft und Gesellschaft entwickelt.