In dieser Säule sind die gesellschafts- und industriepolitischen Zielen der EU das zentrale Thema. Daher sind die Forschungsbereiche weitestgehend von der Europäischen Kommission im „top-down“ vorgegeben und auf die Arbeit an den politischen Zielen der Europäischen Kommission ausgerichtet. In der Regel ist hier Verbundforschung gefordert, die auch einen europäischen Mehrwert erbringt. „Impact“, also nicht nur die wissenschaftliche, sondern auch die gesellschaftliche Umsetzung und Wirkung von Forschung ist hier zentral und der Focus liegt auf interdisziplinärer, zum Teil auch transdisziplinärer Forschung.

Mit Horizont Europa soll ein besonderer Beitrag zur Bewältigung globaler Herausforderungen, zur nachhaltigen Entwicklung gemäß Agenda 2030 und zum Pariser Klimaschutzabkommen geleistet werden. Der European Green Deal ist zusammen mit der Digitalisierung eine der Prioritäten, die sich in allen Forschungsbereichen widerspiegeln. 35 Prozent der Budgets von Horizont Europa sollen den Green Deal unterstützen.

Die Säule II umfasst die folgenden sechs thematischen Cluster:

1. Gesundheit
2. Kultur, Kreativität und inklusive Gesellschaft
3. Zivile Sicherheit für die Gesellschaft
4. Digitalisierung, Industrie und Weltraum
5. Klima, Energie und Mobilität
6. Lebensmittel, Bioökonomie, natürliche Ressourcen, Landwirtschaft und Umwelt

Die Cluster bilden die gesamte Bandbreite der Sustainable Development Goals (SDGs) der Vereinten Nationen ab. In Säule II ist zudem die „Gemeinsame Forschungsstelle“ der Europäischen Kommission (das Joint Research Centre JRC) angesiedelt.

Mit den „Missionen“ ist ein besonderer Programmteil der transdisziplinären Forschung gewidmet: Für die Bereiche „Anpassung an den Klimawandel – einschließlich gesellschaftlicher Wandel“; „Krebs“; „Gesunde Ozeane, Meere, Küsten- und Binnengewässer“; „Klimaneutrale und intelligente Städte“; „Bodengesundheit und Lebensmittel“ werden aktuell im Austausch mit Bevölkerung, Interessenvertretern und Mitgliedsländern Programme erarbeitet, die zum einen jeweils ein erreichbares Ziel definieren und zum anderen die Umsetzungen dieser Ziele operationalisieren werden.