Die Berlin University Alliance wird von vier Einrichtungen getragen: der Freien Universität Berlin, der Humboldt-Universität zu Berlin, der Technischen Universität Berlin und der Charité – Universitätsmedizin Berlin. Um ihre gemeinsamen Vorhaben umsetzen zu können, haben die Einrichtungen 2018 einen Kooperationsvertrag geschlossen.

Zu jedem Objective ist eine Management Unit zugeordnet; die Cross Cutting Themes (CCTs) verfügen über eine Gesamtkoordination. Management Units und CCT-Koordination sind für die Konzeption und Koordination sowie die administrative und operative Umsetzung der Maßnahmen und Vorhaben zuständig. Sie arbeiten eng mit dem jeweiligen Steering Committee zusammen und unterstützen dieses sowie die Verbundpartnerinnen bei der Umsetzung der Maßnahmen und Vorhaben.