Die Berlin University Alliance und die Umsetzung des gemeinsamen Antrags in der Exzellenzstrategie „Beyond Boundaries: A Joint Agenda for Berlin as an Open Knowledge and Innovation Space“ wird vom Board of Directors gesteuert, dem die Leitungen der beteiligten Einrichtungen angehören.

• Prof. Dr. Dr. h.c. Günter M. Ziegler, Präsident der Freien Universität Berlin und Sprecher der Berlin University Alliance
• Prof. Dr. Julia von Blumenthal, Präsidentin der Humboldt-Universität zu Berlin
• Prof. Dr. Fatma Deniz, Präsidentin der Technischen Universität Berlin  
• Prof. Dr. Heyo K. Kroemer, Vorstandsvorsitzender der Charité – Universitätsmedizin Berlin
• Dr. Martin Mann, Geschäftsführer der Berlin University Alliance