Die Berlin University Alliance wird als Exzellenzverbund vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) und dem Land Berlin im Rahmen der Exzellenzstrategie von Bund und Ländern gefördert. Die vier Berliner Verbundpartnerinnen – die Freie Universität Berlin, die Humboldt-Universität zu Berlin, die Technische Universität Berlin und die Charité – Universitätsmedizin Berlin – gewannen die Förderung mit dem Antrag „Crossing Boundaries toward an Integrated Research Environment“ eingereicht. Förderbeginn war der 1. November 2019.

Die Berliner Partnerinnen haben in der ersten Förderlinie der neuen Runde des Forschungswettbewerbs Exzellenzstrategie am 22. Mai 2025 fünf Exzellenzcluster zur Förderung eingeworben. Die interdisziplinären Forschungsvorhaben werden ab 2026 für zunächst sieben Jahre gefördert.