Die Berlin University Alliance ist ein Exzellenzverbund, der vom Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt (BMFTR) und dem Land Berlin im Rahmen der Exzellenzstrategie von Bund und Ländern gefördert wird. Die vier Partnerinnen der Berlin University Alliance – Freie Universität Berlin, Humboldt-Universität zu Berlin, Technische Universität Berlin und Charité – Universitätsmedizin Berlin – erhielten die Förderung als erster universitärer Exzellenzverbund in Deutschland mit ihrem Antrag „Crossing Boundaries toward an Integrated Research Environment”. Die Förderung begann am 1. November 2019. Am 11. März 2026 hat die Exzellenzkommission aus den Wissenschaftsminister*innen von Bund und Ländern und international profilierten Persönlichkeiten aus Wissenschaft und Hochschulmanagement entschieden, die Berlin University Alliance mit dem Antrag „Beyond Boundaries: A Joint Agenda for Berlin as an Open Knowledge and Innovation Space“ für weitere sieben Jahre (2027-2033) als Exzellenzverbund zu fördern.

Voraussetzung für die Weiterförderung als Exzellenzverbund war ein Erfolg in der Förderlinie „Exzellenzcluster“ des Forschungswettbewerbs Exzellenzstrategie. Am 22. Mai 2025 erhielten die Berliner Partnerinnen die Förderungmitteilung für fünf Exzellenzcluster. Die interdisziplinären Forschungsprojekte werden seit 2026 für zunächst sieben Jahre gefördert. Eine Verlängerung der Förderung um weitere sieben Jahre ist auf der Grundlage eines Fortsetzungsantrags möglich.